Testovací typ Zoanoid unikne z Kronos Corporation se třemi jednotkami Guyver. Vojáci Kronosu se pokoušejí získat jednotky z testovacího typu, ale jsou zmařeni, když testovací typ odpálí bombu, kterou ukryl ve vaku. Guyverovy jednotky jsou rozptýleny ve výbuchu. Dva mladí středoškoláci, Sh? Fukamachi a Tetsur? Segawa, narazí na ztracenou jednotku Guyver známou jako „jednotka I“. Druhý je získán Kronosem a spojuje se s Oswaldem A. Liskerem, aby se později stal druhým Guyverem. Konečná jednotka se dostane do rukou Agita Makišimy, který se s ní spojí v blíže neurčenou dobu. Sh? náhodně aktivuje jednotku, která s ním potom bolestně splyne.
V průběhu času, Sh? se dozví více o Guyveru a jeho schopnostech. Guyver je prakticky nezranitelný, jeho jedinou slabinou je Control Metal. S touto částí neporušenou, může znovu vytvořit hostitele z dat uložených uvnitř. Pokud je však tato část poškozena, hostitel je jedlý naživu a zahyne. To je znepokojující a Sh? začíná se ptát, zda bude někdy osvobozen od Guyveru. Situace se postupně zhoršuje, když se objevují stále silnější zoanoidy. To znesnadňuje ochranu jeho přátel, kteří nejsou nesmrtelní.
