Tato manga se odehrává ve škole, kde studenti vycházejí ze slavných šógunů v japonské historii. Sengoku Gakuen byl kdysi jako normální škola, ale Oda Nobunaga, studentský prezident, učitele svrhl a prakticky je učinil bezmocnými. Postavil školu ze studentů, pro studenty a studenty. Nobunaga nakonec promoval a ponechal Hidejošimu ve funkci studentského prezidenta. Hidejoši však brzy opustí školu, aby pomohl Nobunagovi ovládnout Japonsko, když vládl Sengoku Gakuenovi.
Příběh zde nabírá na síle, když dochází k bitvě mezi Ishidou Mitsunari, upjatým a konzervativním, přesto pracovitým chlapcem, a Tokugawou Ieyasu, dočasným školním prezidentem, který má spoustu následovníků, bojujícím o křeslo prezidenta školy. Vidíme také další slavné postavy jako spolužáky, jako je Ootani Yoshitsugu, který loajálně následuje Mitsunari a Oichi, Nobunagovu mladší sestru. Kdo získá funkci prezidenta studentského sboru a převezme velení školy?
